Sau khi băng hà, Setnakhte được chôn cất tại ngôi mộ KV14, vốn ban đầu dành cho nữ hoàng Twosret, nhưng bị chiếm bởi Seti II. Setnakhte lại tái chiếm ngôi mộ cho riêng mình. Tuy nhiên, xác ướp của ông không bao giờ được tìm thấy, mặc dù có một xác ướp với tên gọi "Xác ướp trên thuyền" tại KV35 được cho là của ông. Xác ướp sau đó đã bị hủy hoại vào năm 1901, vĩnh viễn không phân tích được nữa[5].